Die New York Times fragte ihre Leser, welche Missverständnisse sie am meisten frustierten. Die mit Abstand häufigste Eingabe beklagte die falsch verstandene Aussage: "Ist doch nur eine Theorie". Der Wissenschaftsjournalist Carl Zimmer nahm sich dieses Missverständnisses an und stellte im ersten Satz klar: „Theorien haben nichts mit Vermuten oder Rätselraten zu tun, sie sind die Kronjuwelen der Wissenschaft“.
„In der Wissenschaft wird ‚Theorie‘ nicht leichtfertig angewandt“, zitiert Zimmer den Zellbiologen Kenneth R. Miller. Miller zufolge ist „eine Theorie ein System von Erklärungen, das ein ganzes Bündel an Fakten zusammenbindet.“ Die Theorie erkläre nicht nur diese Fakten, sondern mache auch Voraussagen über andere Beobachtungen und Experimente.
Peter Godfrey-Smith, Autor des Buches „Theory and Reality: An Introduction to the Philosophy of Science“, habe sich Gedanken darüber gemacht, wie man das Missverständnis, das in der Aussagen „Ist nur eine Theorie“ lauert, vermeiden könne. Es sei hilfreich – so Godfrey-Smith – über Theorien wie über Landkarten zu denken, als Versuch, ein bestimmtes Territorium zu repräsentieren. Ähnlich repräsentiere eine Theorie ein Territorium der Wissenschaft. Anstelle von Flüssen, Hügeln und Städten seien die Gegenstände einer Theorie eben Fakten. Um die Qualität einer Landkarte zu beurteilen, müssten wir sehen, wie gut sie uns durch ihr Territorium führe. In ähnlicher Weise testeten Wissenschaftler neue Theorien an vorliegenden Befunden. So viele Karten sich als unzuverlässig herausgestellt hätten, so viele Theorien seien auch verworfen worden.
Andere Theorien hingegen seien zur Grundlage der modernen Naturwissenschaft geworden, wie die Evolutionstheorie, die allgemeine Relativitätstheorie, die Theorie der Plattentektonik, die Theorie des Heliozentrismus oder die Keimtheorie der Verursachung von Krankheiten.
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